Nautilusが起動した状態でログインしてしまう (Gnome shell shows Nautilus as open application on startup when "Icons on Desktop" is active)

先日のアップデートしたら、Nautilusが起動した状態でログインされてしまうようになった。Nautilusを起動していないのに、アクティビティ画面（Activities Overview）のランチャー（Dashと呼ぶらしい）のアイコンがactiveになっている。この状態だと、アイコンをクリックしてもNautilusを起動できない。また、Conkyをautostartで起動しているが、このプロセスのアイコンもDashや、スイッチャーに表示されてしまうようになった。